Od walki z Vigo minęły lata. Wydawałoby się, że aktywność paranormalna spadła do takiego poziomu, że działalność Pogromców Duchów jest już niepotrzebna. Firma została zamknięta, a bohaterowie tamtych dni musieli zająć się czymś innym. Spadek aktywności paranormalnej nie oznaczał jej spadku do zera, tylko mocne zmniejszenie. Duchy nadal dają znać o sobie, ale w bardzo małym stopniu.

Z opuszczonej kopalni „Shandor Mining co”, w środku nocy, pospiesznie wyjeżdża samochód. Obok kierowcy (Bob Gunton). na siedzeniu, pod przykryciem znajduje się dobrze znana pułapka na duchy i jest, bynajmniej, niepusta.

Dian Fossey (Sigourney Weaver) jest fizykoterapeutką, ma jednak marzenie. Chce pracować w Afryce, badać życie goryli. Nie jest specjalistką, ale kocha zwierzęta, miała praktyki na weterynarii. Widać po niej wielką pasję. Według dr. Louisa Leakey'ego (Iain Cuthbertson) nie wystarcza to. Dian usiłuje go przekonać, że jeżeli potrzebuje kogoś do liczenia goryli, to może być i ona, liczyć potrafi. Jej upór przekonuje w końcu doktora. Obiecuje jej, że pomyśli nad jej kandydaturą.

Johanesburg to niebezpieczne miasto. Każdego dnia dochodzi tu do 300 zabójstw i brutalnych napaści. Zarówno cywile, jak i policjanci giną w strzelaninach. Krwawe porachunki między gangami są czymś normalnym. Przypadkowymi ofiarami nikt się nie przejmuje. Policja dostaje jednak nową broń. Policjanta, którego nie można skorumpować, środek na odrodzenie Johanesburga. Zautomatyzowana Jednostka Policji. Pierwsza taka jednostka na świecie.

Ripley (Sigourney Weaver) zginęła w wielkim piecu, a wraz z nią ostatni przedstawiciel gatunku Ksenomorfów. Co ciekawe nie oznacza to jej końca… Mija wiele lat. Ripley budzi się na okręcie do badań medycznych ZSM Auriga. Została sklonowana. Przed swoją samobójczą śmiercią wiedziała, że jest zainfekowana i lada moment z jej wnętrza wyrwie się nowa królowa. Ripley została sklonowana również z tą zawartością. Oczywiście klonującym nie chodziło o kobietę, ona jako taka nie ma żadnej wartości. Co innego Ksenomorf.

Ripley (Sigourney Weaver) ma pecha. Znowu ledwo udało jej się przeżyć spotkanie z Xenomorfem, śpi sobie znowu w hibernacji. Jednak na pokładzie USS Sulaco był jednak nieproszony gość. Obcy jak to obcy lubi podróżować na gapę. Zabił innych zahibernowanych, przy okazji wybuchł też pożar i aby uratować resztę śpiących, komputer wystrzelił pozostałe kapsuły w przestrzeń międzygwiezdną. Niby przestrzeń jest pusta, ale kapsuły trafią na planetę i to zamieszkałą. To Fiorina „Fury” 161, kosmiczna rafineria rud mineralnych, a przy okazji zakład karny dla przestępców z dwoma chromosomami Y. Ot taki filmowy zbieg przypadków.

Ellen Ripley (Sigourney Weaver) to jednak szczęściara. Przeżyła spotkanie z krwiożerczym ksenomorfem, a następnie, przebywając w hibernacji, przeleciała niezauważona przez systemy główne. Została jednak odnaleziona i w ostatnim momencie uratowana. Niemniej jednak minęło 57 lat… Jej córka zmarła. Żadnej innej rodziny nie posiada. Została sama. Dochodzi do siebie w szpitalu na orbicie Ziemi, na stacji Gateway. Kot – Jonesy – oczywiście również przeżył. Odwiedza ją przedstawiciel firmy Weyland-Yutani Corp. Carter J. Burke (Paul Reiser). Nie ma dla niej dobrych wieści…

Bez transportu nie ma cywilizacji, nieważne czy odbywa się to drogą lądową przy pomocy osiołków, albo na plecach babci, pociągami, czy tirami. Może to być droga morska, od małych prehistorycznych dłubanek, do wielkich kontenerowców. Może być droga powietrzna. Z czasem statki wzbiły się ponad atmosferę i transport stał się międzyplanetarny. Jednym z takich statków jest Nostromo. Co prawda bardziej to holownik niż transportowiec, ale swój udział w przewożeniu ma. Jego obecnym zadaniem jest dostarczenie na Ziemię 20 milionów ton różnorodnych minerałów. Siedmioosobowa załoga, aby nie pomrzeć z nudów (i czasu rejsu) przebywa w hibernacji. W pewnym momencie komputer pokładowy – Matka – wybudza załogę, pomimo że są jeszcze daleko od Ziemi.

W spokojny zimowy dzień Dana Barrett (Sigourney Weaver), wraca z zakupów ze swoim malutkim synkiem Oskarem. W pewnym momencie dziecinny wózek przejeżdża przez różową plamę na chodniku. Jest to jakaś maź wylewająca się spod chodnika. Zostawiony na chwilkę sam sobie wózek, zaczyna samoistnie odjeżdżać. Po dość dramatycznie wyglądających scenach, Danie udaje się dopędzić wózek, który tylko cudem nie wpadł pod rozpędzony autobus. Dana wie kto może jej pomóc wyjaśnić tą tajemniczą sprawę. Do Pogromców Duchów!