„Może będzie pasował - Odgłos dalekiego grzmotu Zachmurzone niebo Być może będzie padał deszcz Czy będziesz ty wtedy ze mną?”

Japonia została podzielona, wchodząca kiedyś w jej skład wyspa Hokkaido, należy obecnie do Unii. Na przemianowanej na Ezo Unia buduje wielką wieże. Jest ona tak wielka, że wygląda niemal jak winda orbitalna. Powód jej budowy, funkcje jakie ma spełniać są utajnione i Unia nie chce uchylić nawet rąbka tajemnicy. Jako, że każda tajemnica wzbudza zainteresowanie, Hiroki Fujisawa (Hidetaka Yoshioka) i Takuya Shirakawa (Masato Hagiwara) postanawiają się jej przyjrzeć z bliska.

Co porusza się z tytułową prędkością 5 centymetrów na sekundę? Wbrew oczekiwaniom nie jest to jakaś specjalna tajemnica i odpowiedź na nią znajdziemy chwilę po rozpoczęciu się seansu. Podobno z taką prędkością opadają płatki kwiatów wiśni. Wiśnie kwitną na wiosnę, czyli w czasie kiedy kończy się rok szkolny w Japonii. Ten rok jest szczególny, oprócz zakończenia szkoły podstawowej, jest ostatnim kiedy Akari Shinohara (Ayaka Onoue) i Takaki Toono (Kenji Mizuhashi) są razem. Od nowego roku Akari przeprowadza się do Tochigi.