W drugiej połowie XXI wieku na Ziemi panują rządy korporacji. Jakby tego było mało, jest też nowa, groźna, śmiertelna choroba – NAS – syndrom osłabienia neuronów. Nie znane są jej przyczyny ani lek mogący uzdrowić chorych. Z korporacjami walczą Lotekowie, ruch oporu wywodzący się z ulic – hakerzy, piraci, partyzanci infowojen. Korporacje do obrony wynajmują Yakuzę. Jako że dane w sieci, pomimo zabezpieczeń, mogą zostać przejęte, najcenniejsze z nich są przekazywane mnemonicznym kurierom, elicie agentów. Przenoszą one owe dane w implantach mózgowych.

Paul Dawson jest po wypadku, wskutek którego traci część mózgu. Kontakt z nim jest niemożliwy. Naukowcy przygotowują go do uruchomienia założonego mu implantu.

Paul to eksżołnierz, który został postrzelony w głowę. Teraz jest badany, czy implant dr. Vincenta McCarthy'ego (Toby Stephens) pomógł naprawić uszkodzenia. Pierwsze chwile po aktywacji, zdają się to potwierdzać, Paul zaczyna rozumieć, co się do niego mówi i wykazuje reakcje. Widać jednak utratę pamięci, Paul zdaje się nic nie pamiętać. Badania nie przebiegają tak, jak przypuszczał Vincent, jest nimi rozczarowany. To jednak jeszcze nic, chwilę później Paul atakuje Vincenta i jego asystentkę, jest przy tym bardzo brutalny. Strażnicy w końcu zabijają Paula.

Major Motoko Kusanagi (Atsuko Tanaka) służy w Sekcji 9 , tajnej organizacji walczącej z przestępczością komputerową. Czasami wchodzą w kompetencje innych sekcji, nie zawsze o tym je powiadamiając. Wykonują raczej brudną robotę. Czasami jednak nie da rady inaczej. Ich metody nie zawsze są policyjne, są raczej bardzo od nich odległe… Doskonale to pokazuje uniemożliwienie wyjazdu, a raczej ucieczki z kraju, pewnego programisty. Zdradził on i dostał azyl i jest „nietykalny”. Jednak nie dla Sekcji 9.

Anastazja Bell kończy rekonwalescencje. Została bardzo mocno poturbowana przez Klakierów. Co prawda chciała zrobić bardzo niemiłą rzecz Berenice Charlotte i ta w ramach obrony użyła sposobu, aby zwrócić Klakierów przeciwko niej. Anastazja nie wie jeszcze, że dzień końca leczenia, będzie „dniem w którym, skończył się świat”, jej myśli pochłania zaplanowane spotkanie z Rebeką najpiękniejszą znaną jej istotą, pielęgniarką. Do randki jednak nie dochodzi.

Nad Zachodnią Marsylią, ostatnim bastionem wolnego świata – niebędącego pod Holenderską okupacją, zbierają się ciemne chmury. Mieszkańcy spodziewają się ataku tulipianarzy. Ostatni ledwo co odparli. Kapitan straży Hugon Longchamp widzi przyszłość w ciemnych barwach, ludzi brakuje, a nowi poborowi, są raczej kiepscy. Raczej nie są typu wojskowego. Trzeba jednak ich wyszkolić lub chociaż spróbować to zrobić.

W 1676 roku holender Christian Huygens zmienił świat. Wynalazł Klakierów. „Roboty” napędzane alchemią. To one zajmują się pracą. Ciągną wozy, sprzątają, napędzają pompy, są na posyłki. Są nieomal wieczne. Niektóre mają dobrze ponad 100 lat. Christian stał się bohaterem dla nieomal całego świata, czyli Holandii.

Jimi Dini (Christopher Lambert) jest producentem gier komputerowych. Jego najnowsza produkcja - Nirvana ma wejść na rynek za trzy dni. Jimi dokonuje ostatecznych poprawek (czyżby nie chciał wydawać patchy zaraz po premierze?). Wcielamy się w niej w awatara o imieniu Solo (Diego Abatantuono). Musimy uniknąć zamachów na swoje życie.